根据酶所催化的反应性质的不同，将酶分成六大类：

氧化还原酶类（oxidoreductase）

　　促进底物的氧化或还原。

转移酶类（transferases）

　　促进不同物质分子间某种化学基团的交换或转移。

水解酶类（hydrolases ）

　　促进水解反应。

裂合酶类（lyases）

　　催化从底物分子双键上加基团或脱基团反应，即促进一种化合物分裂为两种化合物，或由两种化合物合成一种化合物。

异构酶类（isomerases）

　　促进同分异构体互相转化，即催化底物分子内部的重排反应。

合成酶类（ligase）

　　促进两分子化合物互相结合，同时ATP分子（或其它三磷酸核苷）中的高能磷酸键断裂，即催化分子间缔合反应。

　　按照国际生化协会公布的酶的统一分类原则，在上述六大类基础上，在每一大类酶中又根据底物中被作用的基团或键的特点，分为若干亚类；为了更精确地表明底物或反应物的性质，每一个亚类再分为几个组（亚亚类）；每个组中直接包含若干个酶。