航天工程育种就是利用航天技术，通过返回式卫星和飞船搭载生物种子，利用天空环境中的宇宙辐射、微重力、重粒子和弱磁场等太空独有的多种因数的综合作用，诱使种子变异，使基因实现地面上难以实现的有益变异，返回地面后筛选良性变异的育种方法。

种子送到太空后，在太空环境的作用下，导致了畸形诱变。在畸形诱变中有一部分是人们的，譬如种子变大，品质变好，抗性变强，生育期变短；有一部份畸形诱变是不符合人类需求的，我们就把它舍弃了。

湖南省棉花科学研究所近几年在航天工程育种这方面作了一些工作，曾多次选送种子搭载返回式卫星，返回地面后筛选出一些产生良性变异的品种，譬如有些种子在纤维品质、抗性方面得到增强，这些良性的变异在新品种选育中都得到了利用。

至1987年到2011年，我国已经成功进行了22次上千种植物种子搭载试验（15次通过返回式卫星，7次通过神舟飞船），涉及到粮、棉、油及蔬菜、瓜果等主要农作物品种。经过全国育种工作者的地面选育，取得了可喜的成果，获得了大量产生变异的新性状品种，已经育成并通过国家鉴定的、可利用的新优良品种达到60多个，如水稻、小麦、棉花、大豆、辣椒、番茄等等，在提高农作物产量和改变农产品的质量方面都取得实质性成果，在农业生产中已经得到大规模推广，航天工程育种产业化已经初见端倪。

航空工程育种能够规模化的种植，规模化的产出，规模化的供应，能够在市场上形成它自己独特的市场空间定位。航天工程育种是育种工程中的一个重要组成部分，是和平利用太空空间的一个重要技术手段，它的品种优良特性将会满足人类对太空的理解和认可，也同时接受到太空给人类带来的福祉。