注册棉花标准仓单的程序如下：

⑴ 投资者所在会员单位向棉花指定交割仓库进行入库预报，仓库同意接收货物并收取入库预报定金后开具《入库通知单》，24小时内向交易所报验，交割预报定金按实际到货量返还。《入库通知单》自开具之日起有效期为40天。

⑵ 交易所接到仓库申请报验之日起48小时内向中纤局报验;中纤局收到交易所申报单之日起48小时内向指定具体承检机构下达《期货交割棉公正检验任务书》，承检机构接到任务书24小时内与仓库联系。

⑶ 承检机构接到货物抵达的具体时间后，提前到达现场。检验人员在称重的过程中抽取检验用样品，现场完成衡重、抽样、测回潮率、检验含杂率、核实件数等工作。在实验室完成品级、长度、马克隆值、异性纤维等检验工作。承检机构在现场公正检验完成5个工作日内出具《公正检验证书》。符合交割标准的《公正检验证书》，是注册棉花仓单依据。

⑷ 指定交割仓库或货主对交割棉入库公正检验结果有异议的，可向中纤局申请复检一次。复议期限为接到公正检验结果之日起5个工作日内。对复检结果仍有异议的，可依法提起诉讼。

⑸ 指定交割仓库接到《公正检验证书》之日起2个工作日内向郑商所申请注册仓单。

⑹ 交易所自指定交割仓库提出注册申请之日起7个工作日内予以登记注册。投资者所在会员单位凭指定交割仓库开出的证明到郑商所领取《标准仓单注册表》和《标准仓单持有凭证》。