1998年11月28日，国务院颁布了《国务院关于深化棉花流通体制改革的决定》。决定指出，按照建立社会主义市场经济体制要求，棉花流通体制改革的目标是，逐步建立起在国家宏观调控下，主要依靠市场机制实现棉花资源合理配置的新体制。国家在管好棉花储备、进出口和强化棉花质量监督的前提下，完善棉花价格形成机制，拓宽棉花经营渠道，转换棉花企业经营机制，降低流通费用，建立新型的产销关系。从1999年9月1日新的棉花年度起，棉花的收购价格、销售价格主要由市场形成，国家不再作统一规定。国家主要通过储备调节和进出口调节等经济手段调控棉花市场，防止棉花价格大起大落。决定强调，棉花是大宗工业原料，培育棉花市场关键是要建立起反映灵敏的棉花供求和价格信息系统。

2001年7月31日，《国务院关于进一步深化棉花流通体制改革的意见》中提出了“一放二分三加强，走产业化经营的路子”的指导思想，具体为：放开棉花收购，鼓励公平有序竞争；实行社企分开，加大供销社棉花企业改革力度；实行棉花储备与经营分开，确保储备棉优质安全；加强和改进对棉花市场的宏观调控；加强棉花市场管理和质量监督；改进棉花信贷资金管理；大力推进棉花产业化经营。